Директор – доктор геолого-минералогических наук А.П. Федотов.
Директора:
1930–1944 – д.г.н. Г.Ю. Верещагин;
1944–1948 – к.б.н. Д.Н. Талиев;
1948–1955 – к.т.н. В.А. Толмачёв;
1955–1987 – академик Г.И. Галазий;
1987–2015 – академик М.А. Грачёв.
Лимнологический институт СО РАН ведёт свою историю от Байкальской станции АН СССР, которая начала свою фактическую работу 1 октября 1928 г. Первоначально она располагалась на станции Маритуй Забайкальской железной дороги, а в 1930 г. переместилась в с. Лиственичное. К этому времени происходит переименование Станции в Байкальскую лимнологическую станцию АН СССР, которая в 1961 г. преобразовывается в Лимнологический институт Сибирского отделения АН СССР. С 1989 г. институт находится в Иркутске.
Первым директором Байкальской станции стал знаменитый исследователь Байкала Г.Ю. Верещагин. После смерти Г.Ю. Верещагина в 1944 г. Лимнологическую станцию возглавляли известный ихтиолог Д.Н. Талиев (1944–1948), гидролог-гидрохимик В.А. Толмачев (1948–1955), а с 1955 г. – академик Г.И. Галазий. В 1987 г. директором института стал академик М.А. Грачёв, было возведено здание института в Иркутске, позволившее существенно увеличить площади и возможности для лабораторных исследований, в том числе гидрохимических, молекулярно-биологических, электронно-микроскопических. На базе музея института в 1993 г. был создан Байкальский музей Иркутского научного центра СО РАН.
Байкальская лимнологическая станция выполняла ряд важных заданий для народного хозяйства СССР, в частности изучение гидрологического режима в интересах Ангаростроя, исследование промысловых сиговых рыб озера. Уже к 30-м годам установлено явление питания р. Ангары не только за счет поверхностных вод озера, но и за счет втягивания глубинных вод (до 400 м). Решение о строительстве Байкальского целлюлозного завода в 1961 г. критиковалось институтом, а после его запуска на полную мощность в 1967 г. сотрудниками ЛИН СО АН СССР отмечался рост пятна измененной воды вокруг БЦБК. Начатая в те годы борьба против целлюлозного производства на берегу Байкала завершилась остановкой производства в 2013 г., но работы по переработке накопленных отходов и рекультивации земель не завершились до сих пор. Более успешной оказалась борьба против проекта, развиваемого в конце 50-х годов, о взрыве Шаман-камня в истоке р. Ангары или пробитии через него канала для ускоренного наполнения Иркутского и Братского водохранилищ. Активная позиция института позволила в 1969 г. ввести запрет на промышленный вылов омуля в Байкале, что дало возможность популяции восстановить свою численность к концу 70-х годов.
В настоящее время ЛИН СО РАН является современным междисциплинарным научным институтом, проводящим исследования в области лимнологии и смежных отраслей, включая гидрохимию, гидрологию, гидрофизику, классическую и молекулярную биологию, микробиологию, биохимию, палеолимнологию, геологию, геоморфологию, аналитическую и физическую химию, биогеохимию. Работы направлены не только на мониторинг состояния окружающей среды, но и на понимание механизмов функционирования живых организмов и природных систем, на создание новых ценных биоинженерных и биоподобных продуктов, а также на воспроизводство рыбных запасов. ЛИН СО РАН активно участвует в работах по экологическому мониторингу в интересах нефтяной, газовой промышленности и гидроэнергетики. Сотрудники ЛИН СО РАН первыми обратили внимание на современный кризис в прибрежной зоне Байкала и проводят активные работы по его изучению и поиску методов преодоления.
Исследования института на оз. Байкал проводятся с использованием четырех научно-исследовательских судов водоизмещением от 42 до 500 т. Приборный парк ЛИН СО РАН включает оборудование для комплексного химического анализа неорганических и органических веществ и смесей, изучения микро- и наноструктуры твердых объектов.
За последние пять лет институт посетили свыше 300 иностранных ученых из 28 стран мира. Совместно с МГУ, ИРНИТУ, Институтом наук о Земле (Парижский университет Пьера и Мари Кюри, Франция) и Центром эволюции Земли и динамики (Университет Осло, Норвегия) проводятся ежегодные международные студенческие экспедиции «Плавучий университет – Class@Baikal». Институт входит в международную сеть станций мониторинга кислотных выпадений в Восточной Азии (EANET) и Международную ассоциированную лабораторию «Ледниковые архивы данных о климате и окружающей среде».
Среди основных достижений последних десятилетий можно отметить следующие:
- создание Байкальского международного центра экологических исследований и внесение Байкала в Список всемирного наследия ЮНЕСКО;
- установление причин массовой гибели нерпы в 1987–1988 гг. от вируса чумы плотоядных;
- расшифровка байкальской осадочной летописи палеоклиматов последних 8 млн лет;
- разработка методов поиска приповерхностных скоплений гидрата метана для пресноводного водоема и добычи газа из них;
- разработка и внедрение способов прокладки энергетического кабельного перехода через пролив Ольхонские ворота, тушения и предотвращения пожаров на свалках и торфяниках, производства байкальской питьевой воды.