16 октября 1934 года по предложению Второй Восточно-Сибирской краевой партийной конференции (январь 1934 г.), на основании приказа Народного Комиссариата земледелия СССР от 30 марта 1934 г., Постановления Совета Народных Комиссаров СССР № 1082 от 9 мая 1934 г. в городе Иркутске был открыт Восточно-Сибирский сельскохозяйственный институт.
Институт начал работать в составе четырех факультетов: агрономического, зоотехнического, ветеринарного и механизации сельского хозяйства. В первый же год было открыто подготовительное отделение. Два факультета – агрономический и зоотехнический – набрали сразу все пять курсов за счет перевода в Иркутск студентов из Тихоокеанского института и других сельскохозяйственных вузов страны. В 1934 году было принято на первый курс 125 человек, на подготовительное отделение – 100, всего обучалось около 300 человек.
Первым директором института был назначен М.С. Персов (30.03.1934 – 19.02.1935 гг.). С первых дней основания института в нем начали работать тогда еще молодые педагоги: И.С. Буддо, А.И. Кузнецова, Р.И. Голлауэр, Я.И. Шерлаимов, Ю.Ф. Харкеевич, А.Н. Угаров, Н.И. Нусов, и др., ставшие впоследствии известными на всю Россию учеными.
С первых дней Великой Отечественной войны 106 студентов и 14 преподавателей во главе с директором института И.Е. Макаровым были мобилизованы на фронт. Всего на защиту Отечества ушло 570 «Исхинцев». Многие преподаватели и студенты института сложили головы на фронтах Великой Отечественной. На мемориальном памятнике возле института указаны фамилии 34 воинов-фронтовиков института, геройски погибших в борьбе с захватчиками.
1942 — 1945 гг. В учебном корпусе по ул. Тимирязева, 59 с размещался военный госпиталь № 3908, но занятия не прерывались, они проходили в жилом доме профессорско-преподавательского состава по улице Дзержинского. Несмотря на все тяготы войны, преподаватели и студенты смогли собрать и внести средства на строительство танковой колонны – 22000 рублей и на 12755 рублей облигаций государственных займов.
В марте 1944 года Верховный Главнокомандующий И.В. Сталин выразил благодарность преподавателям, студентам и работникам института, направившим свои сбережения на усиление бронетанковых сил Красной Армии.
С 1957 года в институте началась подготовка кадров высшей квалификации для Монгольской Народной Республики.
В 1965-1969 гг. в посёлке Молодёжный построены учебные корпуса института, общежития и жилые дома, благодаря чему он постепенно приобрел современный облик.
В 1974 году в Иркутском сельскохозяйственном институте был создан музей Боевой и Трудовой Славы в составе военной кафедры. С июня 2011 года музей Боевой и Трудовой Славы становится самостоятельным структурным подразделением вуза. 30 октября 2020 года Музей Боевой и Трудовой славы переименован в Музей истории Иркутского ГАУ.
В 1984 году за большую и эффективную работу в деле воспитания и образования молодежи, а также значительную научную и просветительскую деятельность вуз был награжден Орденом Трудового Красного Знамени МНР, в 1985 году – Орденом Дружбы народов.
В 2014 году приказом Минсельхоза России № 489 ФГБОУ ВПО ИрГСХА переименовано в федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Иркутский государственный аграрный университет имени А.А. Ежевского» (ФГБОУ ВО Иркутский ГАУ). Университету присвоено имя Александра Александровича Ежевского – первого выпускника 1939 года факультета механизации сельского хозяйства, Героя Социалистического Труда, Министра транспортного и сельскохозяйственного машиностроения СССР, Заслуженного машиностроителя Российской Федерации советника министра сельского хозяйства России, награжденного четырьмя орденами Ленина, двумя орденами Трудового Красного Знамени, Почётного гражданина Иркутской области.
В начале ХХI века в связи с открытием новых направлений подготовки в 2000 году зооинженерный факультет был переименован в зооветеринарный, затем в 2006 году — в факультет «Биотехнологии и ветеринарной медицины». В 2001 году факультет электрификации переименован в «Энергетический», факультет механизации сельского хозяйства с 2010 года – «Инженерный» факультет. Новые направления и профили подготовки специалистов (Агроэкология; Ландшафтный дизайн; Кадастр недвижимости и др.) открылись на агрономическом факультете, созданном одновременно с образованием Иркутского сельскохозяйственного института.
В 2015 году экономический факультет и факультет охотоведения получают статусы институтов и новые названия: «Институт экономики, управления и прикладной информатики» и «Институт управления природными ресурсами – факультет охотоведения им. В.Н. Скалона». Иркутский ГАУ был и остается единственным вузом в России, где существует подготовка высококвалифицированных специалистов «Биологов-охотоведов».
В настоящее время во многом модернизированы содержание, формы и методы обучения и воспитания, углубилась научно-исследовательская работа. На базе университета создан аграрный научно-образовательный комплекс. В него вступили ГОУСПО Иркутский и Тулунский аграрные техникумы, ГАУ Иркутский НИИСХ СО РАСХН, Иркутский региональный институт подготовки и переподготовки кадров АПК, ГОУУПУ учебно-производственный центр, Иркутский индустриально-педагогический колледж, СХАО «Белореченское», Сибирский институт физиологии и биохимии растений СО РАН, ГОУДОД ОСЮН (Иркутская станция юннатов), ГОУСПО ПУ № 55 «Железнодорожник».
Из года в год растет материально-техническая база университета: созданы специализированные лаборатории, агроклассы, оснащённые современным оборудованием; компьютерные классы, мастерские; технопарк; ветеринарная клиника и др.
Начиная с 1934 года существования ИСХИ — Иркутского ГАУ подготовлено более 50000 специалистов для агропромышленного комплекса Сибири, других регионов страны и зарубежных государств. Выпускники вуза успешно трудятся по всей России и за ее пределами на руководящих должностях, работают специалистами в крупных производственных, учебных и научных организациях и предприятиях.
С 2021 года на базе Иркутского ГАУ начала работать «Школа фермера», ориентированная на содействие созданию новых финансово устойчивых и рентабельных фермерских хозяйств, повышение эффективности уже действующих, развитие и продвижение лучших практик ведения бизнеса в АПК.
Сегодня Иркутский ГАУ осуществляет подготовку по актуальным для развития АПК направлениям: уровень бакалавриата – 21, уровень магистратуры – 14, специалитет ВО – 2, специалитет СПО – 7; аспирантура – 7.
В соответствии со «Стратегией развития аграрного образования РФ до 2030 года» приоритетными направлениями работы университета являются: обеспечение соответствия реализуемых образовательных программ федеральным государственным образовательным стандартам, требованиям профессиональных стандартов и рынка труда, глобальным трендам развития аграрного производства; развитие универсальных, общепрофессиональных и профессиональных компетенций, необходимых для инновационного развития отраслей АПК и сохранения тенденции к импортозамещению; формирование у обучающихся традиционных российских духовно-нравственных ценностей; интеграция науки и образования, повышение научной продуктивности; создание обучающих программ, направленных на развитие сельских территорий и фермерских хозяйств Иркутской области.